هدف: تایید تشخیص کلستریدیوم سپتیکوم با استفاده از پرایمرهای اختصاصی به روش ((PCR)) در بین کلستریدیوم های جدا شده از مدفوع گوسفندان منطقه ارومیه.طرح: مطالعه آزمایشگاهی.نمونه ها: 28 سویه کلستریدیوم جدا شده از صد نمونه مدفوع گوسفندی منطقه ارومیه.روش: نمونه برداری از مدفوع تازه گوسفندی، انجام آزمایشات استاندارد میکروب شناسی برای جدا سازی کلستریدیا، استخراج DNA از سویه ها، انجام (PCR) با استفاده از پرایمرهای اختصاصی طراحی شده از قطعه ژنی آلفا - توکسین.نتایج: آزمون بر روی تمامی 28 سویه به اضافه سویه واکسنی کلستریدیوم سپتیکوم به عنوان شاهد مثبت و سه تیپB,C,D  از کلستریدیوم پرفرنژنس به عنوان شاهد منفی انجام گردید. پس از انجام عملیات استخراج DNA با پرایمر اختصاصی قطعه ای از ژن همولیزین کلستریدیوم سپتیکوم (توکسین آلفای باکتری) عملیات (PCR) صورت پذیرفت. هر شش سویه کلستریدیوم سپتیکوم  به اضافه سویه واکسن در ژل آگارزباند 270 جفت بازی را از خود نشان دادند که به عنوان قطعه مورد نظر در ژن همولیزین کلستریدیوم سپتیکوم تلقی گردید. تمامی گونه های دیگر کلستریدیای استفاده شده، با این پرایمر منفی بودند.نتیجه گیری: با توجه به نتایج به دست امده، می توان پیشنهاد استفاده از روش (PCR) با پرایمرهای اختصاصی برای تشخیص سریع و اختصاصی کلستریدیوم سپتیکوم را توصیه نمود.

اورنیتوباکتریوم رینوتراکئال (ORT) به صورت یک عامل بیماریزای باکتریایی نوظهور در گله های ماکیان و بوقلمون شناخته شده است. تشخیص عفونت ORT با برخی مشکلات در کشت و شناسایی قطعی باکتری با کمک خواص بیوشیمیایی آن مواجه بوده است. دسترسی به یک روش شناسایی قطعی و قابل اتکا که بتواند در پژوهشهای آزمایشگاهی متداول بکار آید، حایز اهمیت می باشد. هدف از این مطالعه شناسایی ORT به روش زنجیره ای پلیمراز ((PCR))، درمقایسه با روش کشت بود. به منظور راه اندازی این (PCR) از پرایمرهای OR16S-F1 و OR16S-R1، باکتریهای شناخته شده ORT و 7 گونه باکتری دیگر، نظیر هموفیلوس پاراگالیناروم و پاستورلا مولتوسیدا، به ترتیب به عنوان کنترلهای مثبت و منفی استفاده شد. روش استخراج فنل و کلروفرم برای تهیه DNA از نمونه ها به کار رفت. 60 نمونه تجمیع شده بدست آمده از نای و سینوس زیر چشمی 30 گله جوجه گوشتی کشتار شده در یکی از کشتارگاههای منطقه قزوین، از نظر آلودگی به ORT با هر دو روش کشت و (PCR) بررسی شدند. یک باند 784 جفت بازی در 5 نمونه کنترل مثبت ORT، 19 مورد از 60 نمونه اولیه، شامل 11 نمونه هموژنیزه نای و 8 نمونه سواب سینوس زیر چشمی و در تمامی17 نمونه باکتریهای جدا شده و مشکوک به ORT دیده شد؛ ولی در 7 مورد باکتری کنترل منفی مشاهده نگردید. در یک مورد از 41 نمونه اولیه منفی شده در (PCR)، باکتری ORT با کمک کشت جداسازی گردید و این باکتری تکثیر شده در آزمایش مجدد (PCR) مورد شناسایی قرار گرفت. پانزده مورد از 30 گله (50 درصد) در آزمایش (PCR) مثبت تشخیص داده شدند و تنها یک مورد از آنها در کشت باکتریایی منفی شد. بر اساس نتایج بدست آمده؛ (PCR) بکار رفته در این مطالعه می تواند برای شناسایی مطمئن و سریع ORT در نمونه های مشکوک به عفونت ORT استفاده شود، اما بهتر است که به منظور به حداکثر رساندن تشخیص عفونت، با روش کشت توام باشد.

زمینه و هدف: لپتوسپیروز یک بیماری، مشترک انسان ـ حیوان با شیوع قابل توجه در جهان است. چون درمان فقط در روزهای اول بیماری موثر است، تشخیص درست و سریع لپتوسپیروز بسیار با اهمیت است. رشد میکروب بسیار کند است و به دلیل نبود آنتی بادیهای اختصاصی در هفته اول بیماری، سرولوژی نیز ناکارآمد است. بنابراین واکنش زنجیره ای پلیمریزاسیون ((PCR)) تنها راه تشخیص زودرس است. در این مطالعه حساسیت و دقت روش (PCR) متعارف در تشخیص سریع لپتوسپیروز در نمونه سرم مربوط به هفته اول بیماری ارزیابی شده است.روش کار: در این مطالعه تعداد 70 نمونه سرم واجد شرایط و اخذ شده در هفته اول بیماری از افرادی که علایم بالینی مشکوک به لپتوسپیروز داشتند و آزمون مرجع (میکروآگلوتیناسیون) نمونه سرم بار اول آنها منفی و نمونه بار دوم آنها مثبت بود (تبدیل سرمی که دال بر تشخیص قطعی بیماری است)، مورد مطالعه قرار گرفتند.یافته ها: در این مطالعه نتیجه (PCR) در 24 مورد مثبت بود. حساسیت این روش %74.5 و دقت آن 100 باکتری در هر میلی لیتر سرم بود.نتیجه گیری: این مطالعه نشان می دهد(PCR)  تنها روش سریع برای تشخیص لپتوسپیروز در هفته اول بیماری است ولی حساسیت آن خیلی بالا نیست، در حالی که روشهای دیگر کاربرد ندارند.

سابقه و هدف: سایتومگالوویروس (CMV) انسانی از اعضای خانواده ی هرپس ویروس ها است که از علل اصلی عفونت ویروسی داخل رحمی می باشد. هدف این مطالعه بررسی تشخیص CMV در زنان با سقط های ایدیوپاتیک توسط تکنیک واکنش زنجیره پلیمراز ((PCR)) می باشد. مواد و روش ها: 50 نمونه خون از زنان مبتلا به سقط های ایدیوپاتیک جمع آوری و توسط کیت تجاری DNG-Plus ژنوم ویروسی استخراج گردید. تکنیک (PCR) با استفاده از ژنوم سویه استاندارد CMV بهینه سازی شد و سپس تعیین حد تشخیص (LOD) و اختصاصیت آزمایش با استفاده از ژنوم های غیر از CMV مورد ارزیابی قرار گرفت. تکنیک (PCR) بهینه شده بر روی نمونه ها و کنترل های مثبت و منفی انجام شد و نتایج توسط روش الکتروفورز ژل مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. یافته ها: با استفاده از تکنیک (PCR) بهینه شده، محصول 257 جفت بازی در ژل آگاروز مشاهده گردید. در آزمون تعیین اختصاصیت، نتایج مثبت فقط با ژنوم CMV حاصل شد و همینطور حد تشخیص 100کپی در هر واکنش بدست آمد. در نهایت، از 50 نمونه ی مورد بررسی، دو نمونه از نظر وجود CMV مثبت گردید. نتیجه گیری: سقط های ایدیوپاتیک، سقط هایی هستند که ظاهرا عامل مشخص ندارند. اما مشخصا عوامل متعددی از جمله عوامل عفونی که شناسایی آنها مشکل می باشد می توانند موجب سقط جنین گردند. یکی از این عوامل می تواند CMV باشد و نتایج این مطالعه مشخص کرد که بهتراست در این نوع سقط ها توسط آزمون های مولکولی مانند (PCR) به سرعت، CMV را جستجو و شناسایی نمود.

بیان مساله: هلیکوباکتر پیلوری، به عنوان عامل بیماریزا در ایجاد گاستریت و زخم پپتیک و عامل احتمالی بروز سرطان معده شناخته می شود. نظر به ردیابی هلیکوباکتر در پلاک دندانی، به حفره دهانی، به عنوان جایگاه ثانوی آلودگی توجه شده است. با این رو، هنوز به طور کامل روشن نیست، که آیا حفره دهان به عنوان منبعی برای این باکتری عمل می کند.اهداف: هدف از این بررسی این بود، که آیا حفره دهان منبعی برای این باکتری به شمار می آید، و آیا هیچ ارتباطی میان گاستریت و آلودگی پلاک دندانی وجود دارد یا نه؟مواد و روش: در این بررسی برای به کارگیری روشی غیرتهاجمی با حساسیت و ویژگی بالا از واکنش زنجیره ای پلیمراز برای ردیابی هلیکوباکتر پیلوری استفاده شد. نمونه های پلاک بالای لثه ای و زیرلثه ای از شمار 67 بیمار مبتلا به پریودنتیت گردآوری شدند، که 23 نفر از این بیماران، افزون بر ابتلا به پریودنتیت، از گاستریت نیز، رنج می بردند. با استفاده از ترادف ژن های متفاوت هلیکوباکتر پیلوری، در این بررسی برای بهینه سازی یک برنامه حساس و اختصاصی برای تشخیص و ردیابی این باکتری، شمار چهار جفت آغازگر الیگونوکلئوتایدی طراحی شدند. برای واکاوی آماری داده ها از آزمون های مجذور کای و فیشر استفاده شد. سطح معنادار بودن مقایسه ها، p£0.05 در نظر گرفته شد.نتایج: بنا به نتایج این بررسی، هلیکوباکتر پیلوری در نمونه پلاک افراد مبتلا به پریودنتیت از شیوع پایینی (5.9 درصد) برخوردار بود. بنا به بررسی های آماری، ارتباطی معنادار میان عفونت هلیکوباکتر در پلاک دندانی و بیماری گاستریت دیده شد (p=0.012).نتیجه گیری: گرچه شیوع هلیکوباکتر پیلوری در پلاک های دندانی در میزان بسیار کمی دیده شد، اما با این رو، شاید ضروری باشد، که به آنها، به عنوان منبع احتمالی عود دوباره گاستریت پس از درمان این بیماری توجه شود. پیشنهاد می گردد، که در کنار درمان پادزیستی این بیماری، نسبت به درمان های مربوط به زدایش پلاک و آموزش موازین بهداشتی مناسب به بیماران کوشش گردد.

هدف: ویبریو کلرا سروتایپ o1 عامل وبای اپیدمیک شناخته شده است. همه گیری های اخیر وبا در نقاط مختلف جهان نیاز به وجود روشی سریع و مطمئن برای شناسایی ویبریو کلرا را بیش از پیش لازم می سازد. هر چند روش های کلاسیک و متداول میکروبیولوژی حساس و اختصاصی اند اما هر کدام محدودیت های خاص خود را دارند. بنابراین در این مقاله، تکنیک جدیدی برای تشخیص عامل ویبریو کلرا O1 تحت عنوان واکنش زنجیره ای پلیمراز – الیزا ((PCR)-ELISA) معرفی گردیده است.روش بررسی: توالی 375 جفت بازی از ژن کد کننده زیر واحد B سم وبا (ctxB) با DIG-dUTP تکثیر و نشاندار گردید. محصول (PCR) نشاندار شده، در میکروپلیت ها کوت (coat) و با استفاده از آنتی بادی ضد دیگوکسی ژنین گانژوگه با آنزیم پراکسیداز (antidigoxigenin Fab-peroxydase) شناسایی شد. در ادامه این پژوهش جهت تایید و شناسایی محصول (PCR) نشاندار شده با دیگوکسی ژنین از پروب بیوتینه SH-1 که مکمل بخش میانی ژن ctxB بود، استفاده شد. اختصاصیت این روش با استفاده از 6 سویه باکتری ویبریو کلرا O1، سالمونلا پاراتیفی C، شیگلا دیسانتری، پزودوموناس آئروجینوزا، انتروباکتر و کلبسیلا مورد بررسی قرار گرفت.یافته ها: حساسیت تشخیص باکتری در نمونه های مورد بررسی با استفاده از نمونه باکتری 5 CFU و با DNA ژنومی به میزان 0.5-0.6 پیکوگرم برای ویبریو کلرا O1 تعیین گردید. محدودیت تشخیص نمونه باکتری با پروب مذکور همانند روش بالا با استفاده از نمونه باکتری 5 CFU و با DNA ژنومی 0.5-0.6 پیکوگرم تعیین شد.نتیجه گیری: (PCR)-ELISA در مقایسه با روشهای متداول (PCR) که مبتنی بر رنگ آمیزی با اتیدیوم بروماید می باشد، حساسیت بیشتری دارد. به نظر می رسد روش (PCR)-ELISA یک روش آزمایشگاهی مناسب و قابل اعتماد برای تشخیص عامل بیماری وبا می باشد.

زمینه و هدف: کلامیدیا تراکوماتیس یک باکتری داخل سلولی اجباری است و به عنوان یکی از اصلی ترین عوامل بیماری های مقاربتی قلمداد می گردد. اصلی ترین تظاهرات بالینی عفونت با کلامیدیا تراکوماتیس اورتریت و سرویسیت است. از بین روش های مرسوم در تشخیص باکتری کلامیدیا تراکوماتیس، روش های مبتنی بر تشخیص اسید نوکلئیک مانند (PCR)، به خاطر حساسیت و ویژگی بسیار بالا، از مقبولیت بیشتری برخوردارند. هدف از این مطاله تشخیص فراوانی کلامیدیا تراکوماتیس در نمونه های تناسلی اخذشده در شهر کرمان با روش (PCR) بود.روش بررسی: برای انجام مطالعه 130 نمونه تناسلی توسط پزشکان متخصص مشتمل بر 64 نمونه اندوسرویکال و 66 نمونه اورترال به ترتیب از موارد سرویست و اورتریت اخذ گردید و با تست (PCR) فراوانی باکتری کلامیدیا تراکوماتیس مورد ارزیابی قرار گرفت.یافته ها: 9.2% از نمونه ها از نظر کلامیدیا تراکوماتیس مثبت تشخیص داده شد که از این میان، در چهار نمونه (6.25%) از 64 نمونه سرویست و هشت نمونه (12.1%) از 66 نمونه مردان با علایم اورتریت با روش (PCR) کلامیدیا تراکوماتیس تشخیص داده شد.نتیجه گیری: نتایج این تحقیق نشان می دهد که این باکتری می تواند به عنوان یکی از عوامل بیماری های مقاربتی در شهر کرمان مطرح باشد و خصوصا در نمونه های اورتریت مردان در موارد مثبت باید درمان به موقع و اطلاع رسانی در جهت ممانعت از انتقال آن به شریک جنسی داده شود.

هدف: شناسایی جدایه های سالمونلا ها در نمونه های مدفوع گاو و با استفاده از ژن ompC.طرح: مطالعه تجربی.روش: دویست نمونه مدفوع گاو )شامل 50 نمونه از مشهد، 20 نمونه از زنجان، 30 نمونه از موسسه تحقیقاتی امین آباد، 30 نمونه از بیمارستان مردآباد و 70 نمونه از گاوداری های اطراف تهران( جمع آوری و بر روی آنها به موازات کشت میکروبی و سروتایپینگ، (PCR) بر اساس ژن ompC انجام گرفت. همچنین تعداد 25 جدایه سالمونلای جدا شده از نمونه های مرضی مختلف از شهرستان شهر کرد نیز از نظر حضور ژن ompC با روش (PCR) مورد بررسی قرار گرفت. بعد از غنی سازی نمونه های مدفوعی در آبگوشت سلنیت F، DNA نمونه ها با روش جوشاندن استخراج و با استفاده از پرایمرهای (S18) JPF و (S19) JPR آزمایش (PCR) انجام گرفت. در نهایت محصول (PCR) بر روی ژل آگاروز 1.5 درصد الکتروفورز شد و بعد از رنگ آمیزی ژل با اتیدیوم بروماید حضور باند 159 جفت بازی ژن ompC در نمونه ها و همینطور 25 سویه سالمونلا جستجو گردید.نتایج: از 200 نمونه مدفوع، 14 نمونه ) 7 درصد( در آزمایش (PCR) از نظر ompC مثبت شدند. در صورتی که یک نمونه از آن ها در هر دو آزمایش (PCR) و کشت میکروبی مثبت بود. همه 25 جدایه سالمونلای جدا شده از نظر ژن ompC در آزمایش (PCR) مثبت بودند.نتیجه گیری: با توجه به نتایج بدست آمده در این تحقیق می توان گفت که تعیین ژن ompC با روش (PCR) به دنبال غنی سازی مدفوع می تواند یک روش مناسب برای جستجوی سالمونلا ها در نمونه های مدفوع باشد.

ویروس Y سیب زمینی عضو بزرگترین خانواده ویروسی Potyviridae، قادر به آلوده سازی دامنه وسیعی از خانواده های مختلف گیاهی است و از نظر اقتصادی نیز بسیار حایز اهمیت است. دراین تحقیق واکنش زنجیره ای پلی مراز معکوس (RT-(PCR)) برای تشخیص و ردیابی ویروس Y سیب زمینی در گیاهان جمع آوری شده از استان تهران استفاده گردید. گیاهان دارای علایم ویروسی از مزارع سیب زمینی جمع آوری شدند و با آزمون DAS-ELISA مورد ارزیابی قرار گرفتند. گیاهان آلوده در شرایط گلخانه به گیاهان محک مایه زنی شدند. تعدادی از این نمونه ها به صورت تصادفی انتخاب و پس از استخراج ار.ان.ای کل گیاه با استفاده از یک جفت آغازگر اختصاصی مبتنی بر توالی بازی غیرترجمه شونده 5΄ و ناحیه رمز کننده پروتیین P1 با روش های RT-(PCR) و Immunocapture RT-(PCR) آزمایش شدند. در واکنش زنجیره ای پلیمراز کلیه استرینهای ویروس Y سیب زمینی قطعه ای به طول 974bp تولید نمودند. روش مذکور در تشخیص و ردیابی ویروس مورد نظر از حساسیت قابل توجهی برخوردار بود. نگهداری نمونه های گیاهی به مدت 5 ماه در دمای -20°C تغییری در میزان محصول (PCR) نداشت. با استفاده از روش RT-(PCR) پوتی ویروسها و استرینهایشان را می توان در مدت 2 روز شناسایی کرد.